A estrutura desportiva da APEXA divide-se em quatro áreas de actuação: Na execução de atividades desportivas enquadradas numa agenda semanal e direcionada para as necessidades dos utentes da APEXA; Pela organização e mobilização de projectos desportivos e outros eventos com capacidade de gerar sustentabilidade e promoção da inclusão na área do desporto; Na produção de conteúdos pedagógicos e partilha de experiências com outras associações e projectos nacionais e internacionais; Na promoção de formação e workshops com capacidade de  exercer diálogo estruturado para a Inclusão e a igualdade de oportunidades de pessoas com e sem deficiência no Desporto e na produção de Seminários e encontros didáticos com especialistas e assistentes em trabalhos em comum de forma a divulgar conhecimentos ou desenvolver investigações na área do desporto adaptado.

O Desporto Adaptado foi idealizado e concebido com o objectivo de implementar modalidades desportivas para pessoas com e sem deficiência, permitindo a igualdade de oportunidades no que diz respeito ao livre acesso ao desporto e, de igual modo, promover a interação e integração de pessoas com deficiência na comunidade. Esta valência consiste na intervenção especializada em pessoas com e sem deficiência, com vista à reabilitação, treino de capacidades, desenvolvimento de hábitos de vida saudáveis e integração social.

Destina-se a crianças, jovens e adultos com e sem deficiência, a partir dos 7 anos, nas seguintes modalidades desportivas: Futebol , Natação , Andebol, Golfe ,Basquetebol ,Ginástica  e Boccia.

Esta valência tem como finalidade promover a prática desportiva como um hábito de vida saudável de modo a reduzir o sedentarismo, aumentar o bem-estar físico, psicológico e social para promover a integração social. Pretende-se que os utentes realizem alguma modalidade desportiva de acordo com as suas capacidades, visto que o desporto é um veículo promotor para a inclusão da pessoa com deficiência na sociedade. O desporto tem o mérito de dar visibilidade às capacidades dos indivíduos e não às suas dificuldades. Qualquer pessoa, seja qual for a sua deficiência, poderá praticar uma modalidade desportiva, inclusivamente de competição, cujas regras deverão ser adaptadas ao seu tipo de deficiência. Pretendemos organizar e participar em vários eventos desportivos nas diversas modalidades nomeadamente provas desportivas e torneios com o objectivo de fomentar o espírito de equipa e de competição, a troca de experiências e o convívio entre os diversos atletas com e sem deficiência, contribuindo para a (re)integração do indivíduo com deficiência na comunidade.